Kerrey phục vụ trong Hải quân Hoa Kỳ như là một sĩ quan SEAL trong Chiến tranh Việt Nam. Giai đoạn phục vụ của ông tại Việt Nam kéo dài 3 tháng từ tháng 1 đến tháng 3 năm 1969[3]. Ông giải ngũ do bị thương, mất phần dưới của một chân trong chiến đấu. Ông được trao hai huân chương: Huân chương Bronze Star cho Vụ tấn công Thạnh Phong vào tháng 2/1969 và Huân chương Danh dự cho nhiệm vụ gần vịnh Nha Trang ở Nam Việt Nam vào ngày 14 tháng 3 năm 1969 (vụ này ông bị thương và giải ngũ). Một thời gian dài sau đó ông được coi là anh hùng chiến tranh cho đến khi vụ việc Thạnh Phong được công bố năm 2001[4].

Huân chương Danh dự

Huân chương cao quý nhất của Quân đội Hoa Kỳ được trao cho cho Kerrey với nhiệm vụ gần vịnh Nha Trang ở Nam Việt Nam vào ngày 14 tháng 3 năm 1969. Trích dẫn Medal of Honor của ông viết:

Biến thể của Medal of Honor của Hải quân Hoa Kỳ.

Đối với lòng dũng cảm và sự dạn dĩ có thể đe dọa tính mạng ở trên và vượt ra ngoài nhiệm vụ trong khi phục vụ như là một nhà lãnh đạo đội SEAL trong hành động chống lại kẻ thù xâm lược (Việt Cộng). Thực hiện nhiệm vụ theo tin tình báo đáng tin cậy, trung úy (j.g.) Kerrey đã dẫn dắt đội SEAL của mình trong nhiệm vụ bắt các cán bộ chính trị quan trọng trong khu vực của đối phương được phát hiện trên một hòn đảo trong vịnh Nha Trang. Để gây bất ngờ cho đối phương, ông và nhóm của ông ẩn mình tại một vách đá cao 350 foot để đặt mình phía trên đối phương đang ở. Chia nhóm của ông thành hai nhóm và phối hợp cả hai, Trung úy (jg.) Kerrey dẫn đội mình đi xuống một con dốc tiến về trại của địch. Chỉ khi gần đến cuối dốc, hỏa lực mãnh liệt của đối phương nhắm vào họ, và Trung úy (jg.) Kerrey bị thương nặng vì một quả lựu đạn phát nổ dưới chân ném ông ngược lên những tảng đá lởm chởm. Mặc dù máu chảy đầm đìa và rất đau đớn, ông đã thể hiện lòng dũng cảm vượt trội khi ngay lập tức chỉ đạo đội mình tập trung hỏa lực vào trung tâm trại địch. Bằng cách sử dụng radio, Trung úy (jg.) Kerrey gọi hỏa lực yểm trợ từ nhóm thứ hai, qua đó khiến Việt Cộng bị tấn công nặng nề bằng hỏa lực. Sau khi chế ngự thành công hỏa lực của địch, và mặc dù mang nhiều vết thương, ông vẫn tiếp tục bình tĩnh kiểm soát toàn đội để bảo vệ vị trí. Trung úy (jg.) Kerrey kiên quyết chỉ đạo đội của mình, mặc dù sắp rơi vào trạng thái vô thức, cho đến khi ông cuối cùng đã được di tản bằng trực thăng. Thiệt hại của đối phương trong nhiệm vụ rất thành công này có thể không được đánh giá quá mức. Các binh lính địch bị bắt và cung cấp thông tin tình báo quan trọng cho sự nỗ lực đồng minh. Lãnh đạo dũng cảm và đầy cảm hứng của Trung úy (jg.) Kerrey, tinh thần chiến đấu dũng cảm, ngoan cường và lòng tận tụy với nhiệm vụ trong duy trì áp đảo kẻ thù và nâng cao truyền thống quật cường của Lực lượng Hải quân Hoa Kỳ.

Thảm sát Thạnh Phong

The Thanh Phong sewer pipe in which three children allegedly hid before being killed is on display at the War Remnants Museum in Ho Chi Minh CityBảng giới thiệu di chứng chiến tranh tại War Remnants Museum TP Hồ Chí Minh

Năm 2001, tạp chí The New York Times và Chương trình 60 Minutes II tiến hành các báo cáo về một sự cố đã xảy ra trong chiến tranh Việt Nam của Kerrey. Vào ngày 25 Tháng Hai năm 1969, ông đã dẫn dắt một cuộc đột kích dùng tàu chiến PCF (tàu chiến) vào một làng nông thôn hẻo lánh của Thạnh Phong, Việt Nam, nhắm mục tiêu một nhà lãnh đạo Việt Cộng mà tình báo chỉ ra sẽ có mặt. Ngôi làng được coi là một phần của một khu vực hỏa lực tự do của quân đội Hoa Kỳ.

Đội SEAL của Kerrey đầu tiên gặp phải nhà của một người dân trong thôn. Sau đó, theo Kerrey, đội bị bắn ở trong làng và bắn trả, chỉ để tìm thấy sau cuộc chiến mà một số người đã chết dường như là dưới 18 tuổi, tụ lại cùng nhau ở trung tâm của làng. "Điều mà tôi sẽ nhớ đến ngày tôi chết là đi bộ và phát hiện thấy, tôi không biết, 14 hay gần như vậy, tôi thậm chí không biết những gì con số này, phụ nữ và trẻ em đã chết", Kerrey nói năm 1998. "tôi đã chờ đợi để tìm thấy những người lính Việt Cộng có vũ khí và bị giết. Thay vào đó tôi thấy phụ nữ và trẻ em."

Ngược lại, Gerhard Klann, một thành viên của đội SEAL của Kerrey, đã đưa ra một phiên bản khác được hỗ trợ một cách độc lập bởi một cuộc phỏng vấn riêng với một người phụ nữ Việt Phạm Trí Lãnh. Theo Klann, đội vây bắt các phụ nữ và trẻ em và quyết định "giết chúng và ra khỏi đó", vì sợ rằng họ sẽ cảnh báo cho quân địch. Kerrey phản ứng vào tài khoản của Klann bằng cách nói "đó không phải là những gì tôi nhớ về nó", và cáo buộc Klann là ghen tuông vì Kerrey đã không giúp ông trong việc có được một huy chương danh dự cho một nhiệm vụ sau này. Các thành viên khác của đội SEAL Kerrey có những phản ứng khác nhau về vấn đề này: Gene Peterson và Lloyd Schreier chỉ nói rằng họ "không làm gì sai cả", và từ chối cho biết chi tiết. William Tucker cũng không đồng ý cho biết thêm điều gì, ngoại trừ chuyện sau khi vụ việc xảy ra, ông nói với Kerrey là "Tôi khôg thích vụ này.", và Kerrey trả lời "Tôi cũng chẳng thích thú chút nào." Rick Knepper từ chối mọi câu hỏi: "Thời gian ở Việt Nam của tôi, nếu nói về nó thì chẳng dễ chịu chút nào. Làm ơn để tôi yên." Ambrose thì kể một phiên bản đôi khi giống chuyện Klann kể, đôi khi lại đồng tình với Kerrey, và đôi khi lại thay đổi vì nhớ ra chi tiết khác - Cả ba người đều đồng tình với nhau về việc họ có giết một ông già, mà theo Ambrose là ông đã làm hiệu cho Klann làm, còn Klann cho rằng Kerrey ra lệnh.[5][6]

Kerrey bày tỏ nỗi đau đớn và tội lỗi về vụ việc, nói:. "Bạn có thể không bao giờ, không bao giờ có thể lấy đi từ nó. Nó làm đen tối ngày của bạn. Tôi nghĩ chết cho đất nước của bạn đã được điều xấu nhất có thể xảy ra với bạn, và tôi không nghĩ nó là vậy. Tôi nghĩ rằng chết chóc cho đất nước của bạn có thể tồi tệ hơn rất nhiều. "[7]

Kerrey đã được trao một Ngôi sao đồng cho các cuộc tấn công vào Thạnh Phong. Giới thiệu về huy chương viết, "Kết quả của tuần tra của ông là 21 Việt Cộng bị giết, hai hầm trú ẩn bị phá hủy và hai vũ khí của địch thu giữ." [8]

Theo lời kể bà Bùi Thị Lượm, nạn nhân duy nhất sống sót sau thảm sát Thạnh Phong, không có ai khác may mắn sống sót trong đêm đó. Trong số 21 người chết, có một người cô và một người mợ đang mang thai. Nếu tính cả thai nhi chưa lọt lòng, con số chính xác là 23 nạn nhân[9].

Theo hiện vật trưng bày tại Bảo tàng Chứng tích chiến tranh tại TP HCM về vụ thảm sát, có một số ảnh và một ống cống, mô tả chỗ mà ba đứa trẻ đã trốn trước khi bị tìm thấy và giết.[10] Hiện vật có viết (xem ảnh bên) [11].

Việc điều tra về thảm sát bắt đầu từ năm 1994 khi nhà báo Gregory Vistica, lúc đó làm cho tờ Newsweek, bắt đầu nghe về vụ việc xảy ra với một nhóm lính SEAL tại Việt Nam. Sau đó nhà báo này có được báo cáo về vụ thảm sát. Cuối năm 1998 khi Kerrey định ứng cử bầu cử tổng thống Mỹ lần thứ 2, báo cáo này đến tay ông, và Kerry từ bỏ ý định tranh cử tổng thống[4]. Năm 2001, vụ thảm sát được công bố ra công chúng. Kerrey đã phải minh bạch hóa và trả lời phỏng vấn về vụ việc. Ông có xin lỗi. Ông không từ bỏ Huy chương Sao Đồng vì coi vụ việc là chuyện không may xảy ra. Ông cũng từ bỏ không ra tranh cử Thượng viện năm 2000 và năm 2004, rút khỏi cuộc sống chính trị [12]. Tới năm 2012, ông mới quay lại tranh cử ghế ở nghị viện nhưng thất bại.